Türkiye Klinikleri Tıp Bilimleri Dergisi

.: DERLEME
CRISPR-Cas Fonksiyonel Genetik Tarama: Geleneksel Derleme
CRISPR-Cas Functional Genetic Screening: Traditional Review
Hale GÜLER KARAa,b, Buket KOSOVAb, Eda DOĞANb, Vildan BOZOK ÇETİNTAŞb, Şerif ŞENTÜRKc
aHarran Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Biyoloji ABD, Şanlıurfa, Türkiye
bEge Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Biyoloji ABD, İzmir, Türkiye
cDokuz Eylül Üniversitesi İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü, İzmir, Türkiye
Turkiye Klinikleri J Med Sci. 2022;42(4):311-22
doi: 10.5336/medsci.2022-88507
Makale Dili: TR
Tam Metin
Ücretsiz Erişim
ÖZET
Prokaryotlara ait savunma mekanizması bileşenleri kullanılarak geliştirilen düzenli aralıklarla bölünmüş kısa palindromik tekrar kümeleri [clustered regularly interspaced palindromic repeats (CRISPR)-Cas] sistemi hedefe özgü gen düzenleme aracı olarak in vitro ve in vivo çalışmalarda yaygın olarak kullanılmaktadır. CRISPR-Cas sisteminin kullanım alanları arasında gen silme, gen ekleme, baz düzeltme, gen ifadesi düzenleme, genomik lokusları görüntüleme, epigenetik düzenleme ve diagnostik analizler yer almaktadır. Bu sistemin güçlü özellikleri arasında bulunan esnekliği, çok yönlülüğü ve kolay uygulanabilirliği kullanım alanlarının giderek artmasına yol açmıştır. Son yıllarda, genlerin biyolojik süreçler ve hücresel işlevlerdeki rollerini aydınlatmak için de CRISPR-Cas9 temelli fonksiyonel genetik tarama çalışmaları yapılmaktadır. CRISPR taramaları, başta kanser olmak üzere, hastalığa bağlı olarak hücrelerin hayatta kalabilmeleri için gerekli olan, hastalık gelişiminden sorumlu genetik faktörlerin tanımlanması ve fonksiyonlarının belirlenmesi için kullanılmaktadır. Amaca uygun seçilmiş gRNA kütüphanesinin hazırlanması ve çoğaltılması, ilgili plazmide klonlama, lentivirüslere paketleme ve hücrelere lentiviral transdüksiyon, fenotipik seçilim, yeni nesil DNA dizi analizi ve biyoinformatik analiz aşamalarından oluşan CRISPR-Cas temelli taramalar, fonksiyonel genetik çalışmalarının yüksek verimlilik ve doğrulukta yapılabilmesini mümkün kılmıştır. Patojen-konakçı etkileşimlerinin araştırılması, hastalıkların moleküler mekanizmalarının ortaya konması, yeni tedavi hedeflerinin bulunması ve tedavi direncinde rol oynayan genetik faktörlerin belirlenmesi gibi farklı amaçlara yönelik tarama çalışmaları da yapılabilmektedir. Bu derlemede, farklı CRISPR-Cas sistemleri kısaca özetlendikten sonra genetik tarama çalışmalarının temel mantığı, uygulanışı ve kullanım alanları güncel literatürden seçilen örneklerle tartışılacaktır.

Anahtar Kelimeler: CRISPR-Cas; CRISPR tarama; fonksiyonel genetik tarama; gRNA kütüphanesi
ABSTRACT
The clustered regularly interspaced palindromic repeats (CRISPR)-associated Cas system, derived from the defence mechanism components of prokaryotes, is frequently used as a target specific gene editing tool in in vitro and in vivo studies. Uses of the CRISPR-Cas system include gene deletion, gene insertion, base editing, gene expression editing, genomic locus imaging, epigenetic editing, and diagnostic analysis. Due to the strengths of the system such as flexibility, versatility and easy application, its usage areas have gradually increased. In recent years, CRISPR-Cas9 based functional genetic screen studies have been carried out to understand the roles of genes in the biological processes and cellular functions. CRISPR screens are used to identify genetic factors responsible for disease development and determine their functions, which are necessary for the survival of cells due to disease, especially cancer. CRISPR-Cas9 screens consisting of desing and amplification of the selected gRNA library, cloning in the relevant plasmid, packaging into lentiviruses and lentiviral transduction into cells, phenotypic selection, next generation DNA sequence analysis and bioinformatics analysis, has allowed functional genetic studies that can be performed with high-throughput and high-efficiency. Screening studies can be carried out for different purposes such as investigating pathogen-host interactions, revealing the molecular mechanisms of diseases, identifying novel therapeutic targets and revealing factors that play a key role in treatment resistance. In this review, after a short summary of different CRISPRCas systems the basic principles of genetic screening studies, their application and areas of usage will be discussed with selected examples from the current literature.

Keywords: CRISPR-Cas; CRISPR screen; functional genetic screen; gRNA library
REFERANSLAR:
  1. Barrangou R, Fremaux C, Deveau H, Richards M, Boyaval P, Moineau S, et al. CRISPR provides acquired resistance against viruses in prokaryotes. Science. 2007;315(5819):1709-12. [Crossref]  [PubMed] 
  2. Barrangou R, Marraffini LA. CRISPR-Cas systems: Prokaryotes upgrade to adaptive immunity. Mol Cell. 2014;54(2):234-44. [Crossref]  [PubMed]  [PMC] 
  3. Makarova KS, Wolf YI, Iranzo J, Shmakov SA, Alkhnbashi OS, Brouns SJJ, et al. Evolutionary classification of CRISPR-Cas systems: a burst of class 2 and derived variants. Nat Rev Microbiol. 2020;18(2):67-83. [Crossref]  [PubMed]  [PMC] 
  4. Taylor HN, Laderman E, Armbrust M, Hallmark T, Keiser D, Bondy-Denomy J, et al. Positioning diverse Type IV structures and functions within class 1 CRISPR-cas systems. Front Microbiol. 2021;12:671522. [Crossref]  [PubMed]  [PMC] 
  5. East-Seletsky A, O'Connell MR, Burstein D, Knott GJ, Doudna JA. RNA targeting by functionally orthogonal type VI-A CRISPR-cas enzymes. Mol Cell. 2017;66(3):373-83.e3. [Crossref]  [PubMed]  [PMC] 
  6. Jiang F, Doudna JA. CRISPR-Cas9 Structures and Mechanisms. Annu Rev Biophys. 2017;46:505-29. [Crossref]  [PubMed] 
  7. Szczelkun MD, Tikhomirova MS, Sinkunas T, Gasiunas G, Karvelis T, Pschera P, et al. Direct observation of R-loop formation by single RNA-guided Cas9 and Cascade effector complexes. Proc Natl Acad Sci US A. 2014;111(27):9798-803. [Crossref]  [PubMed]  [PMC] 
  8. Doudna JA. The promise and challenge of therapeutic genome editing. Nature. 2020;578(7794):229-36. [Crossref]  [PubMed]  [PMC] 
  9. Paquet D, Kwart D, Chen A, Sproul A, Jacob S, Teo S, et al. Efficient introduction of specific homozygous and heterozygous mutations using CRISPR/Cas9. Nature. 2016;533(7601):125-9. [Crossref]  [PubMed] 
  10. Janz A, Zink M, Cirnu A, Hartleb A, Albrecht C, Rost S, et al. CRISPR/Cas9-edited PKP2 knock-out (JMUi001-A-2) and DSG2 knock-out (JMUi001-A-3) iPSC lines as an isogenic human model system for arrhythmogenic cardiomyopathy (ACM). Stem Cell Res. 2021;53:102256. [Crossref]  [PubMed] 
  11. Detsika MG, Goudevenou K, Geurts AM, Gakiopoulou H, Grapsa E, Lianos EA. Generation of a novel decay accelerating factor (DAF) knock-out rat model using clustered regularly-interspaced short palindromic repeats, (CRISPR)/associated protein 9 (Cas9), genome editing. Transgenic Res. 2021;30(1):11-21. [Crossref]  [PubMed] 
  12. Dara M, Razban V, Talebzadeh M, Moradi S, Dianatpour M. Using CRISPR/Cas9 system to knock out exon 48 in DMD gene. Avicenna J Med Biotechnol. 2021;13(2):54-7. [Crossref]  [PubMed]  [PMC] 
  13. Schlager S, Salomon C, Olt S, Albrecht C, Ebert A, Bergner O, et al. Inducible knock-out of BCL6 in lymphoma cells results in tumor stasis. Oncotarget. 2020;11(9):875-90. [Crossref]  [PubMed]  [PMC] 
  14. Skvarova Kramarzova K, Osborn MJ, Webber BR, DeFeo AP, McElroy AN, Kim CJ, et al. CRISPR/Cas9-Mediated Correction of the FANCD1 Gene in Primary Patient Cells. Int J Mol Sci. 2017;18(6):1269. [Crossref]  [PubMed]  [PMC] 
  15. Chavez A, Scheiman J, Vora S, Pruitt BW, Tuttle M, P R Iyer E, et al. Highly efficient Cas9-mediated transcriptional programming. Nat Methods. 2015;12(4):326-8. [Crossref]  [PubMed]  [PMC] 
  16. Abudayyeh OO, Gootenberg JS, Essletzbichler P, Han S, Joung J, Belanto JJ, Verdine V, Cox DBT, Kellner MJ, Regev A, Lander ES, Voytas DF, Ting AY, Zhang F. RNA targeting with CRISPR-Cas13. Nature. 2017;550(7675):280-4. [Crossref]  [PubMed]  [PMC] 
  17. Xie N, Zhou Y, Sun Q, Tang B. Novel epigenetic techniques provided by the CRISPR/Cas9 system. Stem Cells Int. 2018;2018:7834175. [Crossref]  [PubMed]  [PMC] 
  18. Kang JG, Park JS, Ko JH, Kim YS. Regulation of gene expression by altered promoter methylation using a CRISPR/Cas9-mediated epigenetic editing system. Sci Rep. 2019;9(1):11960. [Crossref]  [PubMed]  [PMC] 
  19. Gaudelli NM, Komor AC, Rees HA, Packer MS, Badran AH, Bryson DI, et al. Programmable base editing of A?T to G?C in genomic DNA without DNA cleavage. Nature. 2017;551(7681):464-71. Erratum in: Nature. 2018. [Crossref]  [PubMed]  [PMC] 
  20. Koblan LW, Doman JL, Wilson C, Levy JM, Tay T, Newby GA, et al. Improving cytidine and adenine base editors by expression optimization and ancestral reconstruction. Nat Biotechnol. 2018;36(9):843-6. [Crossref]  [PubMed]  [PMC] 
  21. Anzalone AV, Koblan LW, Liu DR. Genome editing with CRISPR-Cas nucleases, base editors, transposases and prime editors. Nat Biotechnol. 2020;38(7):824-44. [Crossref]  [PubMed] 
  22. Anzalone AV, Randolph PB, Davis JR, Sousa AA, Koblan LW, Levy JM, et al. Search-and-replace genome editing without double-strand breaks or donor DNA. Nature. 2019;576(7785):149-57. [Crossref]  [PubMed]  [PMC] 
  23. Chemello F, Chai AC, Li H, Rodriguez-Caycedo C, Sanchez-Ortiz E, Atmanli A, et al. Precise correction of Duchenne muscular dystrophy exon deletion mutations by base and prime editing. Sci Adv. 2021;7(18):eabg4910. [Crossref]  [PubMed]  [PMC] 
  24. Anzalone AV, Gao XD, Podracky CJ, Nelson AT, Koblan LW, Raguram A, et al. Programmable deletion, replacement, integration and inversion of large DNA sequences with twin prime editing. Nat Biotechnol. 2022;40(5):731-40. [Crossref]  [PubMed]  [PMC] 
  25. Wu X, Mao S, Ying Y, Krueger CJ, Chen AK. Progress and challenges for live-cell imaging of genomic loci using CRISPR-based platforms. Genomics Proteomics Bioinformatics. 2019;17(2):119-28. [Crossref]  [PubMed]  [PMC] 
  26. Chen B, Deng S, Ge T, Ye M, Yu J, Lin S, et al. Live cell imaging and proteomic profiling of endogenous NEAT1 lncRNA by CRISPR/Cas9-mediated knock-in. Protein Cell. 2020;11(9):641-60. [Crossref]  [PubMed]  [PMC] 
  27. Chen B, Gilbert LA, Cimini BA, Schnitzbauer J, Zhang W, Li GW, et al. Dynamic imaging of genomic loci in living human cells by an optimized CRISPR/Cas system. Cell. 2013;155(7):1479-91. Erratum in: Cell. 2014;156(1-2):373. [Crossref]  [PubMed]  [PMC] 
  28. Freije CA, Myhrvold C, Boehm CK, Lin AE, Welch NL, Carter A, et al. Programmable inhibition and detection of RNA viruses using Cas13. Mol Cell. 2019;76(5):826-37.e11. [Crossref]  [PubMed]  [PMC] 
  29. Joung J, Ladha A, Saito M, Kim NG, Woolley AE, Segel M, et al. Detection of SARS-CoV-2 with SHERLOCK one-pot testing. N Engl J Med. 2020;383(15):1492-4. [Crossref]  [PubMed]  [PMC] 
  30. Fire A, Xu S, Montgomery MK, Kostas SA, Driver SE, Mello CC. Potent and specific genetic interference by double-stranded RNA in Caenorhabditis elegans. Nature. 1998;391(6669):806-11. [Crossref]  [PubMed] 
  31. Moffat J, Sabatini DM. Building mammalian signalling pathways with RNAi screens. Nat Rev Mol Cell Biol. 2006;7(3):177-87. [Crossref]  [PubMed] 
  32. Shalem O, Sanjana NE, Hartenian E, Shi X, Scott DA, Mikkelson T, et al. Genome-scale CRISPR-Cas9 knockout screening in human cells. Science. 2014;343(6166):84-7. [Crossref]  [PubMed]  [PMC] 
  33. Agrotis A, Ketteler R. A new age in functional genomics using CRISPR/Cas9 in arrayed library screening. Front Genet. 2015;6:300. [Crossref]  [PubMed]  [PMC] 
  34. Datlinger P, Rendeiro AF, Schmidl C, Krausgruber T, Traxler P, Klughammer J, et al. Pooled CRISPR screening with single-cell transcriptome readout. Nat Methods. 2017;14(3):297-301. [Crossref]  [PubMed]  [PMC] 
  35. Joung J, Konermann S, Gootenberg JS, Abudayyeh OO, Platt RJ, Brigham MD, et al. Genome-scale CRISPR-Cas9 knockout and transcriptional activation screening. Nat Protoc. 2017;12(4):828-63. Erratum in: Nat Protoc. 2019;14(7):2259. [Crossref]  [PubMed]  [PMC] 
  36. Hart T, Chandrashekhar M, Aregger M, Steinhart Z, Brown KR, MacLeod G, et al. High-resolution CRISPR screens reveal fitness genes and genotype-specific cancer liabilities. Cell. 2015;163(6):1515-26. [Crossref]  [PubMed] 
  37. Kampmann M. CRISPRi and CRISPRa screens in mammalian cells for precision biology and medicine. ACS Chem Biol. 2018;13(2):406-16. [Crossref]  [PubMed]  [PMC] 
  38. Tanenbaum ME, Gilbert LA, Qi LS, Weissman JS, Vale RD. A protein-tagging system for signal amplification in gene expression and fluorescence imaging. Cell. 2014;159(3):635-46. [Crossref]  [PubMed]  [PMC] 
  39. Klann TS, Black JB, Chellappan M, Safi A, Song L, Hilton IB, et al. CRISPR-Cas9 epigenome editing enables high-throughput screening for functional regulatory elements in the human genome. Nat Biotechnol. 2017;35(6):561-8. [Crossref]  [PubMed]  [PMC] 
  40. Radzisheuskaya A, Shlyueva D, Müller I, Helin K. Optimizing sgRNA position markedly improves the efficiency of CRISPR/dCas9-mediated transcriptional repression. Nucleic Acids Res. 2016;44(18):e141. [Crossref]  [PubMed]  [PMC] 
  41. Horlbeck MA, Gilbert LA, Villalta JE, Adamson B, Pak RA, Chen Y, et al. Compact and highly active next-generation libraries for CRISPR-mediated gene repression and activation. Elife. 2016;5:e19760. [Crossref]  [PubMed]  [PMC] 
  42. Addgene [Internet]. [Cited: December 12, 2021]. Pooled libraries. Available from: [Link] 
  43. Doench JG, Fusi N, Sullender M, Hegde M, Vaimberg EW, Donovan KF, et al. Optimized sgRNA design to maximize activity and minimize off-target effects of CRISPR-Cas9. Nat Biotechnol. 2016;34(2):184-91. [Crossref]  [PubMed]  [PMC] 
  44. Otten ABC, Sun BK. Research Techniques made simple: CRISPR genetic screens. J Invest Dermatol. 2020;140(4):723-8.e1. [Crossref]  [PubMed]  [PMC] 
  45. Gonçalves E, Thomas M, Behan FM, Picco G, Pacini C, Allen F, et al. Minimal genome-wide human CRISPR-Cas9 library. Genome Biol. 2021;22(1):40. [Crossref]  [PubMed]  [PMC] 
  46. Iyer VS, Jiang L, Shen Y, Boddul SV, Panda SK, Kasza Z, et al. Designing custom CRISPR libraries for hypothesis-driven drug target discovery. Comput Struct Biotechnol J. 2020;18:2237-46. [Crossref]  [PubMed]  [PMC] 
  47. Haapaniemi E, Botla S, Persson J, Schmierer B, Taipale J. CRISPR-Cas9 genome editing induces a p53-mediated DNA damage response. Nat Med. 2018;24(7):927-30. [Crossref]  [PubMed] 
  48. Doench JG. Am I ready for CRISPR? A user's guide to genetic screens. Nat Rev Genet. 2018;19(2):67-80. [Crossref]  [PubMed] 
  49. Luther DC, Lee YW, Nagaraj H, Scaletti F, Rotello VM. Delivery approaches for CRISPR/Cas9 therapeutics in vivo: advances and challenges. Expert Opin Drug Deliv. 2018;15(9):905-13. [Crossref]  [PubMed]  [PMC] 
  50. Liu C, Zhang L, Liu H, Cheng K. Delivery strategies of the CRISPR-Cas9 gene-editing system for therapeutic applications. J Control Release. 2017;266:17-26. [Crossref]  [PubMed]  [PMC] 
  51. Ran FA, Hsu PD, Wright J, Agarwala V, Scott DA, Zhang F. Genome engineering using the CRISPR-Cas9 system. Nat Protoc. 2013;8(11):2281-308. [Crossref]  [PubMed]  [PMC] 
  52. Sun BK, Boxer LD, Ransohoff JD, Siprashvili Z, Qu K, Lopez-Pajares V, et al. CALML5 is a ZNF750- and TINCR-induced protein that binds stratifin to regulate epidermal differentiation. Genes Dev. 2015;29(21):2225-30. [Crossref]  [PubMed]  [PMC] 
  53. Schumann K, Lin S, Boyer E, Simeonov DR, Subramaniam M, Gate RE, et al. Generation of knock-in primary human T cells using Cas9 ribonucleoproteins. Proc Natl Acad Sci U S A. 2015;112(33):10437-42. [Crossref]  [PubMed]  [PMC] 
  54. Shang W, Wang F, Fan G, Wang H. Key elements for designing and performing a CRISPR/Cas9-based genetic screen. J Genet Genomics. 2017;44(9):439-49. [Crossref]  [PubMed] 
  55. Donovan KF, Hegde M, Sullender M, Vaimberg EW, Johannessen CM, Root DE, et al. Creation of novel protein variants with CRISPR/Cas9-mediated mutagenesis: turning a screening by-product into a discovery tool. PLoS One. 2017;12(1):e0170445. [Crossref]  [PubMed]  [PMC] 
  56. Sharma S, Petsalaki E. Application of CRISPR-Cas9 based genome-wide screening approaches to study cellular signalling mechanisms. Int J Mol Sci. 2018;19(4):933. [Crossref]  [PubMed]  [PMC] 
  57. Wang T, Birsoy K, Hughes NW, Krupczak KM, Post Y, Wei JJ, et al. Identification and characterization of essential genes in the human genome. Science. 2015;350(6264):1096-101. [Crossref]  [PubMed]  [PMC] 
  58. Wang B, Wang M, Zhang W, Xiao T, Chen CH, Wu A, et al. Integrative analysis of pooled CRISPR genetic screens using MAGeCKFlute. Nat Protoc. 2019;14(3):756-80. [Crossref]  [PubMed]  [PMC] 
  59. Bodapati S, Daley TP, Lin X, Zou J, Qi LS. A benchmark of algorithms for the analysis of pooled CRISPR screens. Genome Biol. 2020;21(1):62. [Crossref]  [PubMed]  [PMC] 
  60. Hanna RE, Doench JG. Design and analysis of CRISPR-Cas experiments. Nat Biotechnol. 2020;38(7):813-23. [Crossref]  [PubMed] 
  61. Hart T, Moffat J. BAGEL: a computational framework for identifying essential genes from pooled library screens. BMC Bioinformatics. 2016;17:164. [Crossref]  [PubMed]  [PMC] 
  62. Allen F, Behan F, Khodak A, Iorio F, Yusa K, Garnett M, et al. JACKS: joint analysis of CRISPR/Cas9 knockout screens. Genome Res. 2019;29(3):464-71. [Crossref]  [PubMed]  [PMC] 
  63. Meyers RM, Bryan JG, McFarland JM, Weir BA, Sizemore AE, Xu H, et al. Computational correction of copy number effect improves specificity of CRISPR-Cas9 essentiality screens in cancer cells. Nat Genet. 2017;49(12):1779-84. [Crossref]  [PubMed]  [PMC] 
  64. Daley TP, Lin Z, Lin X, Liu Y, Wong WH, Qi LS. CRISPhieRmix: a hierarchical mixture model for CRISPR pooled screens. Genome Biol. 2018;19(1):159. [Crossref]  [PubMed]  [PMC] 
  65. Chulanov V, Kostyusheva A, Brezgin S, Ponomareva N, Gegechkori V, Volchkova E, et al. CRISPR screening: molecular tools for studying virus-host interactions. Viruses. 2021;13(11):2258. [Crossref]  [PubMed]  [PMC] 
  66. Baggen J, Persoons L, Vanstreels E, Jansen S, Van Looveren D, Boeckx B, et al. Genome-wide CRISPR screening identifies TMEM106B as a proviral host factor for SARS-CoV-2. Nat Genet. 2021;53(4):435-44. [Crossref]  [PubMed] 
  67. Xue HY, Ji LJ, Gao AM, Liu P, He JD, Lu XJ. CRISPR-Cas9 for medical genetic screens: applications and future perspectives. J Med Genet. 2016;53(2):91-7. [Crossref]  [PubMed] 
  68. Wisnovsky S, Möckl L, Malaker SA, Pedram K, Hess GT, Riley NM, et al. Genome-wide CRISPR screens reveal a specific ligand for the glycan-binding immune checkpoint receptor Siglec-7. Proc Natl Acad Sci U S A. 2021;118(5):e2015024118. [PubMed]  [PMC] 
  69. Fei T, Chen Y, Xiao T, Li W, Cato L, Zhang P, et al. Genome-wide CRISPR screen identifies HNRNPL as a prostate cancer dependency regulating RNA splicing. Proc Natl Acad Sci U S A. 2017;114(26):E5207-E15. [Crossref]  [PubMed]  [PMC] 
  70. Kurata M, Yamamoto K, Moriarity BS, Kitagawa M, Largaespada DA. CRISPR/Cas9 library screening for drug target discovery. J Hum Genet. 2018;63(2):179-86. [Crossref]  [PubMed] 
  71. Adelmann CH, Wang T, Sabatini DM, Lander ES. Genome-wide CRISPR/Cas9 screening for identification of cancer genes in cell lines. Methods Mol Biol. 2019;1907:125-36. [Crossref]  [PubMed] 
  72. Goodspeed A, Jean A, Costello JC. A whole-genome CRISPR screen identifies a Role of MSH2 in cisplatin-mediated cell death in muscle-invasive bladder cancer. Eur Urol. 2019;75(2):242-50. [Crossref]  [PubMed]  [PMC] 
  73. Rocha CRR, Reily Rocha A, Molina Silva M, Rodrigues Gomes L, Teatin Latancia M, Andrade Tomaz M, et al. Revealing temozolomide resistance mechanisms via genome-wide CRISPR libraries. Cells. 2020;9(12):2573. [Crossref]  [PubMed]  [PMC] 
  74. Chow RD, Chen S. Cancer CRISPR screens in vivo. Trends Cancer. 2018;4(5):349-58. [Crossref]  [PubMed]  [PMC] 
  75. Ungricht R, Guibbal L, Lasbennes MC, Orsini V, Beibel M, Waldt A, et al. Genome-wide screening in human kidney organoids identifies developmental and disease-related aspects of nephrogenesis. Cell Stem Cell. 2022;29(1):160-75.e7. [Crossref]  [PubMed] 

.: Güncel

Giriş



İletişim


Ortadoğu Reklam Tanıtım Yayıncılık Turizm Eğitim İnşaat Sanayi ve Ticaret A.Ş.

.: Adres

Türkocağı Caddesi No:30 06520 Balgat / ANKARA
Telefon: +90 312 286 56 56
Faks: +90 312 220 04 70
E-posta: info@turkiyeklinikleri.com

.: Yazı İşleri Servisi

Telefon: +90 312 286 56 56/ 2
E-posta: yaziisleri@turkiyeklinikleri.com

.: İngilizce Dil Redaksiyonu

Telefon: +90 312 286 56 56/ 145
E-posta: tkyayindestek@turkiyeklinikleri.com

.: Reklam Servisi

Telefon: +90 312 286 56 56/ 142
E-posta: reklam@turkiyeklinikleri.com

.: Abone ve Halkla İlişkiler Servisi

Telefon: +90 312 286 56 56/ 118
E-posta: abone@turkiyeklinikleri.com

.: Müşteri Hizmetleri

Telefon: +90 312 286 56 56/ 118
E-posta: satisdestek@turkiyeklinikleri.com

1. KULLANIM KOŞULLARI

1.1. http://www.turkiyeklinikleri.com alan adından veya bu alan adına bağlı alt alan adlarından ulaşılan internet sayfalarını (Hepsi birden kısaca "SİTE" olarak anılacaktır) kullanmak için lütfen aşağıda yazılı koşulları okuyunuz. Bu koşulları kabul etmediğiniz takdirde "SİTE"yi kullanmaktan vazgeçiniz. "SİTE" sahibi bu "SİTE"de yer alan veya alacak olan bilgileri, formları, içeriği, "SİTE"'yi, "SİTE" kullanma koşullarını dilediği zaman değiştirme hakkını saklı tutmaktadır.

1.2. Bu "SİTE"'nin sahibi Türkocağı cad. No:30, 06520 Balgat Ankara adresinde ikamet eden Ortadoğu Reklam Tanıtım Yayıncılık Turizm Eğitim İnşaat Sanayi ve Ticaret A.Ş.'dir (bundan böyle kısaca "Türkiye Klinikleri" olarak anılacaktır). "SİTE"'de sunulan hizmetler "Türkiye Klinikleri" tarafından sağlanmaktadır.

1.3. Bu "SİTE"'de sunulan hizmetlerden belirli bir bedel ödeyerek ya da bedelsiz olarak yararlananlar veya herhangi bir şekilde "SİTE"ye erişim sağlayan her gerçek ve tüzel kişi aşağıdaki kullanım koşullarını kabul etmiş sayılmaktadır. İşbu sözleşme içinde belirtilen koşulları "Türkiye Klinikleri" dilediği zaman değiştirebilir. Bu değişiklikler periyodik olarak "SİTE"'da yayınlanacak ve yayınlandığı tarihte geçerli olacaktır. "Türkiye Klinikleri" tarafından işbu sözleşme hükümlerinde yapılan her değişikliği "SİTE" hizmetlerinden yararlanan ve "SİTE"ye erişim sağlayan her gerçek ve tüzel kişi önceden kabul etmiş sayılmaktadır.

1.4. İşbu "SİTE Kullanım Koşulları" 30.03.2014 tarihinde en son değişiklik yapılarak ve web sitesi üzerinden yayınlanarak; "SİTE"yi kullanan her kişi tarafından erişimi mümkün kılınıp yürürlülüğe konmuştur. İşbu "SİTE Kullanım Koşulları" ayrıca, "Türkiye Klinikleri" hizmetlerinden belli bir bedel ödeyerek veya ödemeden yararlanacak olan kullanıcılarla yapılmış ve/veya yapılacak olan her türlü "KULLANICI Sözleşmesi"nin de ayrılmaz bir parçasıdır.

2. TANIMLAR

2.1. "SİTE" : "Türkiye Klinikleri" tarafından belirlenen çerçeve içerisinde çeşitli hizmetlerin ve içeriklerin sunulduğu çevrimiçi (on-line) ortamdan http://www.turkiyeklinikleri.com alan adından ve/veya bu alan adına bağlı alt alan adlarından erişimi mümkün olan web sitesi.

2.2. KULLANICI : "SİTE"ye çevrimiçi (on-line) ortamdan erişen her gerçek ve tüzel kişi.

2.3. LİNK : "SİTE" üzerinden bir başka web sitesine, dosyalara, içeriğe veya başka bir web sitesinden "SİTE"ye, dosyalara ve içeriğe erişimi mümkün kılan bağlantı.

2.4. İÇERİK : "Türkiye Klinikleri" "SİTE"yi ve/veya herhangi bir web sitesinden yayınlanan veya erişimi mümkün olan her türlü bilgi, dosya, resim, rakam, fiyat v.b görsel, yazınsal ve işitsel imgeler.

2.5. "KULLANICI SÖZLEŞMESİ" : "Türkiye Klinikleri"nin sunacağı özel nitelikteki hizmetlerden yararlanacak olan gerçek ve/veya tüzel kişilerle "Türkiye Klinikleri" arasında elektronik ortamda akdedilen sözleşme.

3. HİZMETLERİN KAPSAMI

3.1. "Türkiye Klinikleri", "SİTE" üzerinden sunacağı hizmetlerin kapsamını ve niteliğini belirlemekte tamamen serbesttir.

3.2. "Türkiye Klinikleri" "SİTE" bünyesinde sunulacak servislerden yararlanabilmek için, "KULLANICI"nın "Türkiye Klinikleri" tarafından belirlenecek özellikleri taşıması gereklidir. "Türkiye Klinikleri", bu gerekliliği tek taraflı olarak dilediği zaman değiştirebilir.

3.3. "Türkiye Klinikleri"nin "SİTE" üzerinden belirli bir ücret karşılığı veya ücretsiz olarak vereceği hizmetler sınırlı sayıda olmamak üzere;

- Sağlık sektörüne yönelik bilimsel makaleler, kitaplar ve bilgilendirici yayınları sağlamak.

- - Bilimsel dergilere yönelik makale hazırlama aşamasında biçimsel, istatistikî ve editöryal destek sağlamak.

4. GENEL HÜKÜMLER

4.1. "Türkiye Klinikleri", "SİTE" dâhilinde erişime açtığı hizmetler ve içeriklerden hangisinin ücrete tabi olacağını belirlemekte tamamen serbesttir.

4.2. "Türkiye Klinikleri"'nin sunduğu hizmetlerden yararlananlar ve siteyi kullananlar, yalnızca hukuka uygun ve şahsi amaçlarla "SİTE" üzerinde işlem yapabilirler. Kullanıcıların, "SİTE" dâhilinde yaptığı her işlem ve eylemdeki hukuki ve cezai sorumluluk kendilerine aittir. Her KULLANICI, "Türkiye Klinikleri"nin ve/veya başka bir üçüncü şahsın haklarına tecavüz teşkil edecek nitelikteki herhangi bir iş ve eylemde bulunmayacağını; yazılı, görsel ve işitsel bilgileri açıklamayacağını, "Türkiye Klinikleri"ne açıkladığı ve/veya "SİTE"ye gönderdiği her türlü yazılı, görsel ve işitsel bilginin "Türkiye Klinikleri"ne açıkladığı ve/veya "SİTE"ye gönderdiği sırada her türlü biçimde kullanılması, işlenmesi, saklanması, açıklanması ve üçüncü kişilere karşı ifşa edilmesi konusunda münhasır hak sahibi olduğunu kabul, beyan ve taahhüt eder. "KULLANICI" "SİTE" dâhilinde bulunan resimleri, metinleri, görsel ve işitsel imgeleri, video klipleri, dosyaları, veritabanları, katalogları ve listeleri çoğaltmayacağı, kopyalamayacağı, dağıtmayacağı, işlemeyeceğini, gerek bu eylemleri ile gerekse de başka yollarla "Türkiye Klinikleri" ile doğrudan ve/veya dolaylı olarak rekabete girmeyeceğini kabul ve taahhüt etmektedir.

4.3. "SİTE" dâhilinde üçüncü kişiler tarafından sağlanan hizmetlerden ve yayınlanan içeriklerden dolayı "Türkiye Klinikleri"nin, işbirliği içinde bulunduğu kurumların, "Türkiye Klinikleri" çalışanlarının ve yöneticilerinin, "Türkiye Klinikleri" yetkili satıcılarının sorumluluğu bulunmamaktadır. Herhangi bir üçüncü kişi tarafından sağlanan ve yayınlanan bilgilerin, içeriklerin, görsel ve işitsel imgelerin doğruluğu ve hukuka uygunluğunun taahhüdü bütünüyle bu eylemleri gerçekleştiren üçüncü kişilerin sorumluluğundadır. "Türkiye Klinikleri", üçüncü kişiler tarafından sağlanan hizmetlerin ve içeriklerin güvenliğini, doğruluğunu ve hukuka uygunluğunu taahhüt ve garanti etmemektedir.

4.4. "KULLANICI"lar, "SİTE"yi kullanarak, "Türkiye Klinikleri"nin, diğer "KULLANICI"ların ve üçüncü kişilerin aleyhine hiçbir faaliyette bulunamazlar. "KULLANICI"ların işbu "SİTE Kullanım Koşulları" hükümlerine ve hukuka aykırı olarak gerçekleştirdikleri "SİTE" üzerindeki faaliyetler nedeniyle üçüncü kişilerin uğradıkları veya uğrayabilecekleri zararlardan dolayı "Türkiye Klinikleri"nin doğrudan ve/veya dolaylı hiçbir sorumluluğu yoktur.

4.5. "KULLANICI"lar, "SİTE" dâhilinde kendileri tarafından sağlanan bilgilerin ve içeriklerin doğru ve hukuka uygun olduğunu kabul ve taahhüt etmektedirler. "Türkiye Klinikleri", "KULLANICI"lar tarafından "Türkiye Klinikleri"ne iletilen veya "SİTE" üzerinden kendileri tarafından yüklenen, değiştirilen ve sağlanan bilgilerin ve içeriklerin doğruluğunu araştırma; bu bilgi ve içeriklerin güvenli, doğru ve hukuka uygun olduğunu taahhüt ve garanti etmekle yükümlü ve sorumlu değildir.

4.6. "KULLANICI"lar, "SİTE" dâhilinde Türk Ticaret Kanunu hükümleri uyarınca haksız rekabete yol açacak faaliyetlerde bulunmayacağını, "Türkiye Klinikleri"nin ve üçüncü kişilerin şahsi ve ticari itibarı sarsacak, kişilik haklarına tecavüz ve taarruz edecek fiilleri gerçekleştirmeyeceğini kabul ve taahhüt etmektedir.

4.7. "Türkiye Klinikleri", "SİTE" dâhilinde sunulan hizmetleri ve içerikleri her zaman değiştirebilme hakkını saklı tutmaktadır. "Türkiye Klinikleri", bu hakkını hiçbir bildirimde bulunmadan ve önel vermeden kullanabilir. "KULLANICI"lar, "Türkiye Klinikleri"nin talep ettiği değişiklik ve/veya düzeltmeleri ivedi olarak yerine getirmek zorundadırlar. "Türkiye Klinikleri" tarafından talep edilen değişiklik ve/veya düzeltme istekleri gerekli görüldüğü takdirde "Türkiye Klinikleri" tarafından yapılabilir. "Türkiye Klinikleri" tarafından talep edilen değişiklik ve/veya düzeltme taleplerinin, "KULLANICI"lar tarafından zamanında yerine getirilmemesi sebebiyle doğan veya doğabilecek zararlar, hukuki ve cezai sorumluluklar tamamen kullanıcılara aittir.

4.8. "SİTE" üzerinden, "Türkiye Klinikleri"nin kendi kontrolünde olmayan ve başkaca üçüncü kişilerin sahip olduğu ve işlettiği başka web sitelerine ve/veya "İÇERİK"lere ve/veya dosyalara link verebilir. Bu link'ler sadece referans kolaylığı nedeniyle sağlanmış olup ilgili web sitesini veya işleten kişiyi desteklemek amacıyla veya web sitesi veya içerdiği bilgilere yönelik herhangi bir türde bir beyan veya garanti niteliği taşımamaktadır. "SİTE" üzerindeki linkler vasıtasıyla erişilen web siteleri, dosyalar ve içerikler, bu linkler vasıtasıyla erişilen web sitelerinden sunulan hizmetler veya ürünler veya bunların içeriği hakkında "Türkiye Klinikleri"nin herhangi bir sorumluluğu yoktur.

4.9. "Türkiye Klinikleri", "SİTE" üzerinden "KULLANICILAR" tarafından kendisine iletilen bilgileri "Gizlilik Politikası" ve "KULLANICI Sözleşmesi" hükümleri doğrultusunda kullanabilir. Bu bilgileri işleyebilir, bir veritabanı üzerinde tasnif edip muhafaza edebilir. "Türkiye Klinikleri" aynı zamanda; KULLANICI veya ziyaret edenin kimliği, adresi, elektronik posta adresi, telefonu, IP adresi, "SİTE"nin hangi bölümlerini ziyaret ettiği, domain tipi, tarayıcı (browser) tipi, tarih ve saat gibi bilgileri de istatistiki değerlendirme ve kişiye yönelik hizmetler sunma gibi amaçlarla kullanabilir.

5. FİKRİ MÜLKİYET HAKLARI

5.1. Bu "SİTE" dâhilinde erişilen veya hukuka uygun olarak kullanıcılar tarafından sağlanan bilgiler ve bu "SİTE"nin (sınırlı olmamak kaydıyla tasarım, metin, imge, html kodu ve diğer kodlar) tüm elemanları (Hepsi birden "Türkiye Klinikleri"nin telif haklarına tabi çalışmaları olarak anılacaktır) "Türkiye Klinikleri"ne aittir. Kullanıcılar, "Türkiye Klinikleri" hizmetlerini, "Türkiye Klinikleri" bilgilerini ve "Türkiye Klinikleri"nin telif haklarına tabi çalışmalarını yeniden satmak, işlemek, paylaşmak, dağıtmak, sergilemek veya başkasının "Türkiye Klinikleri"nin hizmetlerine erişmesi veya kullanmasına izin vermek hakkına sahip değildirler. İşbu "SİTE Kullanım Koşulları" dâhilinde "Türkiye Klinikleri" tarafından sarahaten izin verilen durumlar haricinde "Türkiye Klinikleri"nin telif haklarına tabi çalışmalarını çoğaltamaz, işleyemez, dağıtamaz veya bunlardan türemiş çalışmalar yapamaz veya hazırlayamaz.

5.2. İşbu "SİTE Kullanım Koşulları" dâhilinde "Türkiye Klinikleri" tarafından sarahaten yetki verilmediği hallerde "Türkiye Klinikleri"; "Türkiye Klinikleri" hizmetleri, "Türkiye Klinikleri" bilgileri, "Türkiye Klinikleri" telif haklarına tabi çalışmaları, "Türkiye Klinikleri" ticari markaları, "Türkiye Klinikleri" ticari görünümü veya bu SİTE vasıtasıyla sağladığı başkaca varlık ve bilgilere yönelik tüm haklarını saklı tutmaktadır.

6. SİTE KULLANIM KOŞULLARINDA DEĞİŞİKLİKLER

"Türkiye Klinikleri", tamamen kendi takdirine bağlı olarak işbu "SİTE Kullanım Koşulları"nı herhangi bir zamanda "SİTE"'da ilan ederek değiştirebilir. İşbu "SİTE Kullanım Koşulları"nın değişen hükümleri, ilan edildikleri tarihte geçerlilik kazanacaktır. İşbu "SİTE Kullanım Koşulları" kullanıcının tek taraflı beyanları ile değiştirilemez.

7. MUCBİR SEBEPLER

Hukuken mücbir sebep sayılan tüm durumlarda, "Türkiye Klinikleri" işbu "SİTE Kullanım Koşulları", gizlilik politikası ve "KULLANICI Sözleşmesi"nden herhangi birini geç ifa etme veya ifa etmeme nedeniyle yükümlü değildir. Bu ve bunun gibi durumlar, "Türkiye Klinikleri" açısından, gecikme veya ifa etmeme veya temerrüt addedilmeyecek veya bu durumlar için "Türkiye Klinikleri"nin herhangi bir tazminat yükümlülüğü doğmayacaktır. "Mücbir sebep" terimi, ilgili tarafın makul kontrolü haricinde ve "Türkiye Klinikleri"nin gerekli özeni göstermesine rağmen önleyemediği olaylar olarak yorumlanacaktır. Bunu yanında sınırlı olmamak koşuluyla, doğal afet, isyan, savaş, grev, iletişim sorunları, altyapı ve internet arızaları, elektrik kesintisi ve kötü hava koşulları gibi durumlar mücbir sebep olaylarına dâhildir.

8. UYGULANACAK HUKUK VE YETKİ

İşbu "SİTE Kullanım Koşulları" uygulanmasında, yorumlanmasında ve bu "SİTE Kullanım Koşulları" dâhilinde doğan hukuki ilişkilerin yönetiminde yabancılık unsuru bulunması durumunda Türk kanunlar ihtilafı kuralları hariç olmak üzere Türk Hukuku uygulanacaktır. İşbu sözleşmeden dolayı doğan veya doğabilecek her türlü ihtilafın hallinde Ankara Mahkemeleri ve İcra Daireleri yetkilidir.

9. YÜRÜRLÜLÜK VE KABUL

İşbu "SİTE Kullanım Koşulları" "Türkiye Klinikleri" tarafından "SİTE" içersinde ilan edildiği tarihte yürürlülük kazanır. Kullanıcılar, işbu sözleşme hükümlerini "SİTE"yi kullanmakla kabul etmiş olmaktadırlar. "Türkiye Klinikleri", dilediği zaman iş bu sözleşme hükümlerinde değişikliğe gidebilir ve değişiklikler sürüm numarası ve değişiklik tarihi belirtilerek "SİTE" üzerinde yayınlandığı tarihte yürürlülüğe girer.

30.03.2014

Gizlilik Bildirimi

  Sitemizi ziyaret etmeden önce aşağıda yazılı kullanım ilkelerini mutlaka okumanızı öneririz. Bu şartları kabul etmeniz halinde sitemizden faydalanırken kurallarımıza uymanız yararınıza olacaktır. Lütfen Kullanım İlkelerimizin tamamını okuyunuz.

  www.turkiyeklinikleri.com Ortadoğu Reklam Tanıtım Yayıncılık Turizm Eğitim İnşaat Sanayi ve Ticaret A.Ş.'ye ait hekimleri sağlık alanında bilgilendirmeye yönelik hazırlanmış bir web sitesidir.

  www.turkiyeklinikleri.com kullanıcılarının kimliklerine, adreslerine, hizmet sağlayıcılarına ve benzeri bilgilerine erişemez. Bu bilgileri kullanıcılar isterse formlar yoluyla siteye gönderebilirler. Ancak, www.turkiyeklinikleri.com donanım ve yazılım bilgilerinizi toplayabilir. Bu bilgiler arasında şunlar yer alır: IP adresiniz, tarayıcı türü, işletim sistemi, etki alan adı, erişim süreleri ve ilgili web adresleri. www.turkiyeklinikleri.com kullanıcılardan aldığı kişisel bilgileri (isminiz, elektronik posta adresiniz, ev ve iş adresiniz, telefon numaranız, vb.) üçüncü bir kuruma satamaz, kamuoyuna yayınlayamaz, site içinde tutamaz. Alınan bilgiler sitenin ziyaretçi profili, raporlama ve hizmetlerin tanıtımına kaynak olması için yönlendirici özellik taşır.

  www.turkiyeklinikleri.com sizden aldığı bilgileri şu amaçlar için kullanır:

-Web sitesini iyileştirmek,geliştirmek ve kaliteyi korumak,

-Ziyaretçi profili ve genel istatistik veriler oluşturmak,

-Ziyaretçilerin sitemizi nasıl kullandığı ile ilgili eğilimlerini belirlemek,

-Asılı yayınlar/yazışmalar göndermek,

-Elektronik posta yoluyla basın bültenleri veya bildirimler göndermek,

-Etkinlik ya da yarışma için liste oluşturmak.

  www.turkiyeklinikleri.com adresini kullanmakla;

-Herhangi bir kullanıcının yasal ve ahlaki olmayan davranışlarından Ortadoğu Reklam Tanıtım Yayıncılık Turizm Eğitim İnşaat Sanayi ve Ticaret A.Ş.'nin sorumlu tutulamayacağını,

-Kullanım ilkelerinin zaman zaman değiştirebileceğini,

-Diğer bağlantı sağladığı ama denetleyemediği sitelerin içeriklerinden veya bilgisayarınıza verecek zararlardan sorumlu olmadığını kabul etmiş sayılırsınız.

  Aşağıda belirtilen durumlarda Ortadoğu Reklam Tanıtım Yayıncılık Turizm Eğitim İnşaat Sanayi ve Ticaret A.Ş. sitesini kullanıcılara kapatabilir:

-Yanlış, eksik, yanıltıcı ve genel ahlak kurallarına uygun olmayan ifadeleri içeren bilgilerin siteye kaydedilmesi durumunda,

-İstenilen bilgilerin içine ilan, reklam, duyuru, özel veya tüzel kişiliklere hakaret içeren ifadeler kullanıldığında,

-Çeşitli yollarla siteye yapılan saldırılar sırasında

-Virüs nedeniyle sitenin yapısının bozulması durumunda.

  Kod ve yazılım da dahil, sitede yer alan yazılı, görüntülü ve sesli fikir ürünleri Telif Hakları ile ilgili yasal mevzuat uyarınca güvence altındadır.

  Ortadoğu Reklam Tanıtım Yayıncılık Turizm Eğitim İnşaat Sanayi ve Ticaret A.Ş.in yazılı izni olmadığı sürece sitede yer alan bilgiler; başka bir bilgisayara yüklenemez, değiştirilemez, çoğaltılamaz, kopyalanamaz, yeniden yayınlanamaz, postalanamaz, dağıtılamaz.

  Sitede bulunan yazılım ve tasarımların her hakkı Ortadoğu Reklam Tanıtım Yayıncılık Turizm Eğitim İnşaat Sanayi ve Ticaret A.Ş.’ye aittir.

  Ortadoğu Reklam Tanıtım Yayıncılık Turizm Eğitim İnşaat Sanayi ve Ticaret A.Ş. kullanım ilkelerimizle ilgili yorumlarınızı almaktan memnuniyet duyacaktır. Sitemizi zenginleştirebileceğini düşündüğünüz konuları ya da sitemizle ilgili yaşadığınız bir problem olursa lütfen bizimle paylaşın.

info@turkiyeklinikleri.com

04.04.2014